La parroquia de Alanje se caracterizó en sus primeros años de vida por su gran riqueza; fue célebre por sus numerosas propiedades, especialmente haciendas de ganado, entre las que se destacaban: Santa Bárbara, Las Animas, Manos Muertas, San Antonio, Santa Rita y Nuestra Señora del Carmen. En 1841, la iglesia de Bocas del Toro formó parte de la Parroquia de Alanje

Durante la Guerra de los Mil Días (1899-1902), encontrándose el General Manuel Quintero Villareal en Alanje, libró combate y venció el 2 de abril de 1902 en los llanos de San Pablo a fuerzas del gobierno conservador colombiano.